Айподу не нужны копии всей музыки на компьютере.
В iTunes первым делом отключаете режим синхронизации, и тогда из компьютера в айпод (в одну сторону) музыка перетаскивается простым drag&drop;, и удаление из него никак не влияет на остающееся в компьютере. Если же синхронизацию (включённую по-умолчанию) оставить включённой -- да, автоматически будет приводиться в соответствие там и здесь.

В айподе музыка хранится в том виде, в каком была залита -- mp3 или другие менее популярные форматы, но файлы при этом iTunes переименует и разложит в псведно-случайном порядке в папки с именами F00, F01... и т.д., т.е., файловая структура, как была на компьютере, в айподе не сохраняется -- он показывает песни отсортированными в соответствии с тагами.
Для массового управления тагами очень хороша программа Tag&Rename;(небесплатная), хотя и в iTunes можно переименовывать таги -- просто это менее удобно.

В обратную сторону (или с чужого айпода) -- на компьютер музыку сливать как бы нельзя (типа, незаконно), но физически -- можно. Например, программой EphPod. В ней только важно, когда выходишь, ни в коем случае не отвечать утвердительно на вопрос сохранить ли изменения. Если ответить "сохранить" -- все русские названия файлов превратятся в кракозябры.

Про удобство айпода как устройства: он очень удобный, пожалуй -- удобнее всех остальных mp3-плееров.
Про необходимость к привыканию исправлять/правильно прописывать таги: некоторых с непривычки это по-началу бесит.